Фамилия Магитон — одна из тех, где сразу бросается в глаза необычное окончание. В русской фамильной системе суффикс -он встречается реже, чем привычные -ов или -ин, и почти всегда указывает на западное, чаще польское или украинское происхождение. Если бы фамилия была исконно великорусской, мы бы ждали форму Магитов или Магитин. Формат на -он выдает, что предок, скорее всего, жил на землях, где действовала польская или малороссийская традиция образования фамилий.

Основа фамилии, Магит-, скорее всего, восходит к личному имени или прозвищу. Самое прямое объяснение — от имени Магит, которое могло быть вариантом библейского Матитьягу (в русской традиции — Матфей) в польском произношении. В польском языке звук «т» перед «и» мог смягчаться, а окончание -он просто добавляло значение «сын такого-то» или «принадлежащий». То есть Магитон — это «сын Магита», а Магит — народная форма Матфея.

Есть и другая версия, менее вероятная, но возможная для еврейских фамилий. В идише и иврите корень «магид» означает «проповедник», «сказитель». Если фамилия записывалась на слух, «Магид» могло превратиться в «Магит», а затем получить славянский суффикс -он. Однако эта версия спорна: в еврейской ономастике чаще встречается форма Магидович или Магидов, а не Магитон.

Географически фамилия Магитон встречается крайне редко. Основные следы ведут в Беларусь и восточные районы Польши, откуда в XIX веке носители могли переселиться в центральную Россию или на юг Украины. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия почти не фиксируется, что говорит о её малочисленности и, возможно, позднем закреплении.

В любом случае, фамилия Магитон — яркий пример того, как славянский суффикс наложился на иноязычную основу, а редкое окончание -он сохранило память о западном происхождении рода. По социальному статусу предки могли быть как мещанами, так и крестьянами, но точных данных об этом нет.