Фамилия Магнутова — редкий случай, когда географический маркер почти наверняка перевешивает любые другие версии. Она образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, указывающим на принадлежность: Магнутова — «дочь/жена Магнутова». Но ключ — в основе.

Корень «магнут» — это не русское слово, не тюркское имя и не прозвище от «магнит» (такая версия была бы слишком прямолинейной и лингвистически слабой). Скорее всего, перед нами топонимическая фамилия, от названия населённого пункта Магнутово. Такие пункты реально существуют: например, хутор Магнутов в Ростовской области или село с похожим названием в исторических границах Области Войска Донского. Переселенцы из этих мест, получая фамилию при переписях или просто в быту, становились Магнутовыми — «выходец из Магнутова».

Менее вероятная, но допустимая версия — отчество от крестильного имени Магнут, которое могло быть народной формой канонического Магна или редкого западноевропейского имени (через польское или немецкое посредство). Однако отсутствие этого имени в святцах и массовой антропонимике делает такое объяснение натяжкой.

Суффикс -ов, а не -ин, указывает на то, что основа оканчивалась на твёрдый согласный. Если бы фамилия пошла от прозвища Магнута (с окончанием -а), она звучала бы как Магнутин. Поскольку мы видим Магнутова, исходная форма мужского рода — Магнутов, а не Магнута. Это ещё один аргумент в пользу топонима: названия сёл и хуторов на -ово дают фамилии на -ов (Магнутов — из Магнутова).

Социальный состав носителей, скорее всего, был смешанным: среди Магнутовых встречались и казаки (для донских территорий это естественно), и бывшие крестьяне, получившие фамилию после отмены крепостного права по месту жительства. Фамилия редкая, недворянская, без громкой истории — но именно такие «географические» фамилии часто точнее всего указывают на малую родину предков.