Фамилия Магратий — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначной славянской или тюркской этимологии. Скорее всего, перед нами искусственное или книжное образование, возникшее в духовной или интеллигентской среде. По модели фамилия напоминает греческие или латинские прилагательные на -ий (ср. Димитрий, Григорий), но корень «маграт» не встречается ни в античных, ни в византийских именословах. Можно предположить, что фамилию составили от греческого «магарион» (нож) или «магнис» (магнит), но ни одна из этих версий не выдерживает критики: в русской традиции такие основы дали бы фамилии Магаров, Магницкий, а не Магратий.

Более правдоподобно, что Магратий — это русифицированная форма западноевропейской фамилии, например, итальянской Magrati или французской Magrat. В таком случае фамилия могла попасть в Россию через польское или украинское посредничество в XVIII–XIX веках, когда дворянские и разночинные семьи нередко адаптировали иностранные фамилии под русское окончание -ий. Встречаемость фамилии крайне низкая: по открытым данным, она практически не зафиксирована за пределами нескольких семей в центральной России и на юге Украины. Это указывает на то, что носители, скорее всего, происходят из одного рода, который либо обрусел сравнительно недавно, либо получил фамилию при поступлении в духовное училище — семинаристы часто получали искусственные фамилии от преподавателей-латинистов.

Если отталкиваться от суффикса -ий, то фамилия могла быть образована по той же модели, что и «Магницкий» (от лат. magnus — великий), но с заменой суффикса. Однако «Магратий» не имеет латинского корня: слово «магнатус» (знатный) дало бы Магнатов или Магнатский. Единственная рабочая гипотеза — связь с греческим «магейрики» (поварское искусство) или «магейрос» (повар), но тогда ожидалась бы фамилия Магериев или Магиров. Спорность корня — главная особенность этой фамилии: этимологи вынуждены признать, что её происхождение остаётся неясным, и любая версия требует оговорок.

Социальный контекст подсказывает, что носители Магратий в XIX веке могли быть либо мещанами, либо выходцами из духовенства. В метрических книгах эта фамилия встречается эпизодически, чаще у людей, связанных с мелкой торговлей или канцелярской службой. Судя по всему, фамилия не укоренилась в крестьянской среде: её книжный облик и отсутствие типичных русских суффиксов (-ов, -ин) выдают искусственное происхождение. Сегодня Магратий — одна из тех фамилий, которые хранят загадку: её обладателям стоит искать корни в архивах духовных семинарий или среди переселенцев из греческих колоний Причерноморья.