Фамилия Магтагян — редкий пример армянской фамилии, чья этимология неочевидна даже для носителей языка. Основной вопрос, который она ставит перед исследователем: что скрывается в корне «Магтаг»?

Самая вероятная версия связывает фамилию с армянским словом «махтаг» (մաղթագ) — «пожелание», «молитвенное прошение». В диалектном произношении или при передаче через другую письменность (например, через русскую графику) «х» могло перейти в «г», дав форму «магтаг». Тогда Магтагян — это потомок того, кто произносил молитвы или занимался составлением прошений, возможно, при церкви или в общине.

Менее распространённая гипотеза возводит основу к тюркскому «магта» (хвалить, восхвалять) — в таком случае фамилия могла принадлежать семье певчих или сказителей. Однако для армянской ономастики заимствования из тюркских языков характерны скорее для восточных диалектов, и здесь нужны дополнительные доказательства бытования слова в конкретном регионе.

Формант -ян — классический армянский патронимический суффикс, указывающий на принадлежность к роду («из рода такого-то»). Фамилии на -ян составляют абсолютное большинство в Армении, но в случае Магтагян суффикс прикреплён к основе, которая сама по себе не является распространённым личным именем или названием ремесла. Это говорит о том, что прозвище Магтаг было довольно узким, возможно, локальным.

Географически фамилия тяготеет к западным областям исторической Армении, откуда после геноцида 1915 года носители могли расселиться по диаспоре. В современной Армении она встречается редко, что подтверждает её диалектное происхождение.

Сравнение с однокоренными фамилиями, такими как Махтакян или Махтасян, показывает, что вариант Магтагян — результат либо фонетического сдвига в конкретном говоре, либо ошибки при записи в паспортных столах. В любом случае, смысл остаётся связанным с устным словом — молитвой, просьбой или хвалой.