Фамилия Макферсон стоит особняком среди русских фамилий: она не славянская, а шотландская, и попала в Россию через иностранцев на русской службе. Её основа — шотландская фамилия Macpherson, которая образована по типичной гэльской модели: приставка Mac- означает «сын», а вторая часть — Pherson — искажённое имя Pàrson, то есть «Парсон» или «священник». Таким образом, исходное значение — «сын священника» или «сын Парсона». В Шотландии Макферсоны — один из старейших кланов, известный с XIII века, с центром в области Бэденох.

В русском языке фамилия закрепилась без изменений, без добавления типичных русских суффиксов (-ов, -ин и т.д.), что сразу указывает на её иноязычное происхождение. В XVIII–XIX веках носители фамилии Макферсон встречались среди офицеров, инженеров и врачей, приглашённых из Британии: например, в списках «российских шотландцев» есть упоминания о Макферсонах, служивших в армии и на флоте. Один из них, Джеймс Макферсон (псевдоним Оссиан), хотя и не жил в России, был популярен среди русских литераторов — его «Поэмы Оссиана» переводили и цитировали.

С точки зрения этимологии, фамилия Макферсон не имеет ничего общего с русским словом «ферзь» или «фермер», как иногда ошибочно думают. Это чисто шотландский патроним, и в России её носители — потомки тех, кто либо сам приехал с Британских островов, либо унаследовал фамилию от предка-иностранца. Географически фамилия редкая, сосредоточена в крупных городах (Москва, Санкт-Петербург), где исторически селились иностранные специалисты. В отличие от массовых русских фамилий, Макферсон не несёт информации о ремесле или внешности предка — только о его происхождении и клановой принадлежности.