Фамилия Махендру — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение лежит не в славянской, а в индийской языковой среде. Основа фамилии — санскритское имя Махендра (महेन्द्र), которое переводится как «великий Индра» или «владыка Индра»: «маха» — великий, «Индра» — верховное божество в индуизме, царь богов. В Индии это распространённое личное имя и компонент сложных фамилий, особенно в среде брахманов и кшатриев.

В русском контексте фамилия Махендру появилась скорее всего как русифицированная форма индийской фамилии, зафиксированная при документальном оформлении. Поскольку в русском языке нет стандартного суффикса для передачи таких основ, окончание «-у» могло возникнуть как транслитерация конечного гласного или как адаптация к мужскому роду по аналогии с украинскими и белорусскими фамилиями на -у (например, Палагута). Вероятнее всего, фамилию привезли в Россию выходцы из Индии — студенты, купцы или специалисты, получившие гражданство или осевшие в СССР в XX веке.

Словообразовательная модель здесь не славянская: нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский. Это чистая основа, которая в русском языке склоняется как существительное мужского рода (Махендру, Махендру, Махендру). Редкость фамилии объясняется тем, что она не прошла через традиционную для России «фамильную фабрику» — её носители, как правило, принадлежат к одной или нескольким семьям, сохраняющим индийские корни.

Если искать параллели в русской ономастике, то Махендру стоит в одном ряду с такими экзотическими для России фамилиями, как Ганди, Неру или Шарма — они тоже не имеют славянской этимологии и указывают на происхождение из Южной Азии. В отличие от них, Махендру не стала известной благодаря политическим деятелям, но сохранила прямую связь с индуистской мифологией: имя Махендра часто встречается в эпосах «Махабхарата» и «Рамаяна» как эпитет бога Индры.