Основой фамилии Махнакова послужило церковное имя Махно. Имя Махно является украинской производной формой одного из мужских имен, начинающихся с Ма-: Макар (в переводе с греческого – «блаженный, счастливый»), Матвей (в переводе с древнееврейского – «дарованный богом») и т.д. Возможно, что основатель рода Махнаковых был выходцем из простого сословия. Скорее всего, фамилия Махнакова изначально возникла на территории Украины или Белоруссии, о чем свидетельствует характерный суффикс -ак. Со временем, вероятно, род Махнак переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ова. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Махно, со временем получил фамилию Махнакова.