Фамилия Махомажанов — редкий случай, когда основа ясна, а вот суффикс ставит в тупик. Корень здесь — Махомажан (Махомаджан), который почти наверняка восходит к мужскому личному имени Махомад, местному варианту имени Мухаммад. Вторая часть «-жан» — это персидское جان (джан), означающее «душа», «жизнь» или «дорогой». В Средней Азии и на Кавказе такие двусоставные имена с «джан» широко распространены как ласкательная или почтительная форма: Махомаджан — «дорогой, как душа, Мухаммад».

Сложность в форманте. Типичные фамильные суффиксы для тюркских и иранских имён — -ов/-ев или -оглы/-заде. Здесь же мы видим редкий суффикс -анов. Он не характерен для русского языка (где -ан- обычно часть основы, как в «Романов»), но встречается в фамилиях, образованных от основ на -а, -я по модели «отец + -ов» с наращением -н-. Скорее всего, Махомажанов — это русифицированная форма отчества: «сын Махомажана», где к основе Махомажан- прибавили русский суффикс -ов, а конечное -н слилось с суффиксом, дав на письме -анов. То есть фамилия означает «потомок Махомажана».

Географически фамилия тяготеет к Таджикистану, Узбекистану и, возможно, к таджикским общинам в Кыргызстане и Казахстане. Ударение, скорее всего, падает на предпоследний слог: Махомажа́нов, хотя в быту могли сместить на третий с конца.

Интересно, что фамилия не зафиксирована в массовых списках русских фамилий (Унбегаун, Никонов) и практически отсутствует в центральной России. Это яркий пример того, как местное имя, пройдя через советскую паспортизацию, получило нестандартное оформление. Если предки носителя фамилии жили в Ферганской долине или в Худжанде, они могли быть ремесленниками, торговцами или земледельцами — имя Махомаджан не указывает на сословие, а лишь на веру и уважение к ребёнку.