Фамилия Макидинова с большой вероятностью образована от мужского имени или прозвища Макидин, а оно, в свою очередь, восходит к арабскому имени Макид (Маккид). В основе лежит корень, связанный с понятием «прочный», «крепкий», «устойчивый». В тюркских языках, особенно в среде татар и башкир, имя Макид встречается как вариант имени Макит, которое иногда трактуют как «достойный похвалы» или «восхваляемый». Таким образом, первичное значение фамилии — «потомок Макидина» или «принадлежащий к роду Макидина».

Суффикс -ин в женской форме Макидинова (при мужской Макидин) указывает на русскую модель образования фамилий от основ на -а, -я. Это типично для фамилий, возникших в среде, где русский язык взаимодействовал с тюркскими языками: на Урале, в Поволжье, в Западной Сибири. Фамилия могла закрепиться за потомками крещёных татар, мишарей или башкир, которые переходили в православие и получали фамилии по имени отца или деда.

Встречается написание с удвоенной «н» — Макидиннова, но основной вариант с одной «н» более логичен: основа Макидин плюс суффикс -ов/-ев дал бы Макидинов, а суффикс -ин — Макидин. Женская форма Макидинова — это грамматическое склонение по женскому роду, а не отдельная фамилия. В архивных записях XIX — начала XX века фамилия фиксируется у крестьян и мещан Оренбургской и Уфимской губерний, что подтверждает её региональную привязку к зонам тюрко-славянского пограничья.

Среди однокоренных фамилий — Макидин, Макидов, Макитов. Все они редки: по данным современных справочников, носителей Макидиновых насчитывается не более нескольких сотен человек, в основном в Башкортостане, Татарстане и Челябинской области. Спорных версий происхождения немного: иногда основу связывают с греческим именем Макидон (от названия области Македония), но это маловероятно для русской фамилии, так как форма Макидин нехарактерна для греческого словообразования.