Фамилия Макнунова — один из тех редких случаев, когда бросается в глаза необычный корень. Если отбросить распространённый суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»), остаётся основа Макнун-. Она не похожа ни на типичные русские прозвища от профессий, ни на канонические крестильные имена. Здесь почти наверняка работала не славянская, а тюркская или арабо-тюркская языковая традиция.

Скорее всего, в основе лежит мужское личное имя Макнун. В арабском языке «маджнун» (от корня «дж-н-н») означает «одержимый», «бесноватый», но в тюркских языках, куда слово попало через исламскую культуру, его значение смягчилось до «вдохновлённый», «безумно влюблённый» — вспомните легенду о Лейли и Меджнуне. Имя Макнун (или Меджнун) давали мальчикам как оберег: считалось, что злые силы обойдут такого ребёнка стороной, приняв его за «не от мира сего». В Поволжье, на Урале и в Западной Сибири у татар, башкир и мишарей фиксировались фамилии Махнунов, Макнунов, Магнунов.

Менее вероятная, но возможная версия — прозвище от диалектного глагола «макнуть» (макать). Так могли назвать человека, который занимался окунанием свечей в воск или маканием пряжи в краситель. Но тогда фамилия звучала бы как Маканов или Макунов — с ударением на второй слог и без носового «н» в середине. А Макнунова с ударением на «у» (Макну́нова) или на «а» (Ма́кнунова) явно тяготеет к восточному имени.

Судя по суффиксу -ов, фамилия русифицирована, то есть её носители — крещёные татары, башкиры или представители других народов, перешедшие в православие. В метрических книгах XIX века фамилия Макнунов встречается в основном в Казанской и Оренбургской губерниях, а также среди ставропольских туркмен (трухмен), у которых имя Макнун тоже бытовало. Таким образом, предки современных Макнуновых с высокой долей вероятности были выходцами из тюркоязычной среды, а их родовое имя хранит память о древнем обережном прозвище.