Фамилия Мактупова — редкий случай, когда основа, скорее всего, восходит не к славянскому, а к тюркскому корню. В отличие от типичных русских фамилий на -ов/-ев, образованных от крестильных имён или прозвищ (Иванов, Петров), здесь мы видим основу «мактуп». Это слово восходит к арабскому «мактуб» (مكتوب), что означает «написанное», «предначертанное», «судьба». В тюркских языках, особенно в татарском и башкирском, слово «мәктүп» закрепилось в значении «письмо» или «послание».

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов- и окончанием -а, типичным для женской формы. Мужской вариант — Мактупов. Такая модель характерна для фамилий, которые появились у татар, башкир и других тюркских народов после вхождения в состав Российского государства: к тюркскому корню механически добавляли русский фамильный суффикс. В отличие от фамилий на -ин (типа Пушкин), которые указывают на принадлежность конкретному лицу, -ов/-ев чаще обозначает «сын такого-то» или «из рода такого-то».

Географически фамилия Мактупова встречается в основном в Поволжье и на Урале — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Это зона расселения казанских татар, мишарей и башкир. Встречается она и у казахов, где слово «мактуп» сохранилось в том же значении «письмо», но там фамилия часто оформляется как Мактупов (без окончания -а для женщин) или бытует в форме отчества.

Прозвище Мактуп или Махтуп мог получить грамотный человек — писарь, переписчик книг, сельский мулла, который вёл переписку. В среде, где грамотность была редкостью, человека, умеющего писать и читать, легко могли прозвать «Письмом» или «Писарем». Менее вероятна, но возможна версия, что прозвище дали ребёнку, родившемуся после долгих молитв или по «предначертанию» — как знак исполненной судьбы. В любом случае, основа фамилии указывает на связь с письменной культурой и исламским миром, что отличает её от большинства русских фамилий, образованных от мирских имён или профессий.