Фамилия Макутонина — женская форма фамилии Макутонин, и ее происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем Макутоня. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Макутонин», то есть сын, потомок или жена Макутони. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от слов, оканчивающихся на гласный или мягкий согласный.

Разбирать фамилию стоит с корня «Макут-». В русских говорах слово «макута» имело несколько значений. В одних регионах (особенно на юге и западе России) так называли макушку, верхушку, голову или темя. Отсюда прозвище Макута могли дать человеку с высокой, крупной или необычной формой головы. В других говорах «макута» — это глиняный горшок, крынка, а также вообще посуда округлой формы. Прозвище Макута мог получить гончар, торговец горшками или просто полный, круглолицый человек, которого сравнивали с такой утварью.

Фамилия Макутонин (и, соответственно, Макутонина) — это патроним, образованный от уменьшительно-ласкательной формы Макутоня. Суффикс -оня часто придавал прозвищу оттенок ласки или иронии. Таким образом, исходное прозвище Макута превратилось в Макутоня, а затем закрепилось как фамилия. Это характерно для северорусской и центральнорусской традиции фамилеобразования, где прозвища часто переходили в фамилии через уменьшительные формы.

Географически фамилия редкая и встречается в основном в центральных и поволжских регионах России. Встречаются единичные упоминания в документах XIX века, связанные с крестьянским сословием. Аналогов по корню почти нет, что делает фамилию уникальной: ближайшие однокоренные — Макутин, Макутов, Макушкин, но они образованы от других суффиксов и основ. В любом случае, предок носительницы фамилии Макутонина получил прозвище либо за внешность (голова, макушка), либо за занятие (гончарное дело), либо за характер (круглый, «горшкообразный» человек).