Фамилия Макыжанова — редкая и почти наверняка тюркская по происхождению, что сразу видно по её основе. Она образована по русской модели с суффиксом -ов, который в женском роде даёт окончание -а. Мужской вариант фамилии — Макыжанов. Если снять суффикс, остаётся корень «Макыжан» — сложное имя или прозвище, типичное для казахской, башкирской, татарской или другой тюркоязычной среды.

Скорее всего, в основе лежит имя Макыжан, где первая часть «Макы» восходит к арабскому «макый» (святой, чистый) или к тюркскому «мак» (цель, метка), а вторая часть «жан» (душа, человек) — распространённый компонент в восточных именах (например, Айжан, Гульжан). Вместе имя могло означать «чистая душа» или «человек с целью». Иногда такие имена давали с пожеланием ребёнку быть праведным или целеустремлённым. Встречается и вариант, где «Макы» — это искажённое «Маки» (от арабского «маки» — мекканский, то есть уроженец Мекки), но это менее вероятно для фамилии, бытовавшей в Поволжье или Казахстане.

Фамилия Макыжанова — сравнительно поздняя, как и большинство тюркских фамилий, которые массово закреплялись в XIX–XX веках, особенно после переписей и паспортизации. Предки носителя фамилии, скорее всего, были кочевниками или полукочевниками, а имя Макыжан могло быть дано при рождении, а затем перешло в фамилию как указание на родоначальника. Географически фамилия встречается преимущественно в Казахстане и среди тюркских народов России, но точных статистических данных по ней нет — она редкая, и в открытых источниках почти не фиксируется.

С точки зрения словообразования, фамилия Макыжанова стоит в одном ряду с такими же сложными тюркскими фамилиями, как Досжанова, Куанжанова, Бекжанова. Отличие — в первой части, которая не так часто встречается в документах. Это делает фамилию ценной для семейной истории: если в семье сохранились устные предания, они могут пролить свет на то, какое именно значение вкладывалось в имя Макыжан — религиозное, пожелательное или связанное с конкретным предком.