Фамилия Малабенский — одна из тех, где при первом взгляде хочется разделить её на две части: «мала» и «бенский». Однако такое членение скорее всего ошибочно. В русской ономастике фамилии на -ский обычно указывают на географическое происхождение: их давали по названию места, откуда человек родом. Основа «Малабен-» — это, вероятнее всего, искажённое или адаптированное название населённого пункта, которого сейчас может уже не существовать.

Где искать корень? Если отбросить суффикс -ск(ий), остаётся основа «Малабен». Она не похожа на типично русское слово. Скорее всего, перед нами топоним балтийского или западнославянского происхождения. В польском, белорусском или литовском языках встречаются названия с корнем «Мала-» (от «малый») и суффиксом -бен- (например, деревни Малабеды, Малабенцы). Переселенец из такого места — Малабенец — мог получить прозвание, а его дети уже стали Малабенскими. Вторая версия, менее вероятная, — что основа восходит к прозвищу, связанному с диалектным словом «малабедный» (то есть «небогатый, малосильный»), но для фамилии на -ский это нетипично.

Фамилия редкая. Встречается она преимущественно в западных регионах России и на границе с Беларусью. В дореволюционных метрических книгах её носители — в основном крестьяне и мещане, что подтверждает версию о происхождении от названия небольшого села или хутора. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Написание устойчивое, без вариантов вроде «Малабинский» — это говорит о том, что фамилия сложилась поздно, когда фамильная форма уже стандартизировалась.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Малахов, Малашенко, Маланин) показывает, что «Малабенский» стоит особняком: у неё нет очевидного славянского суффикса имени или профессии. Это чисто топонимическая фамилия, и её носитель, скорее всего, потомок человека, который когда-то перебрался в другое место и назвался по имени покинутой деревни.