Фамилия Маламайкина — женская форма, мужской вариант — Маламайкин. Сразу бросается в глаза, что в основе лежит слово «маламайка». Что это такое? В русских говорах, особенно южных и украинских, «маламайка» — это старинная верхняя мужская одежда, род широкого плаща или накидки с капюшоном, которую носили запорожские казаки. Слово тюркского происхождения, вероятно, от «малахай» (шапка-ушанка, башлык) или напрямую от «маламай» — так называли и сам балахон, и головной убор.

Фамилия образована по продуктивной модели: прозвище или мирское имя Маламайка (человек, носивший такую одежду, либо мастер, её шивший) плюс суффикс принадлежности -ин. Суффикс -ин указывает на то, что фамилия образована от существительного женского рода первого склонения (Маламайка → Маламайкин). Встречается она редко, что неудивительно: основа не самая распространённая.

Кем мог быть предок? Вероятнее всего, либо казаком, либо ремесленником-скорняком или портным, специализировавшимся на пошиве такого платья. В среде запорожских и донских казаков прозвища по предметам одежды были обычны: Жупан, Свитка, Кожух. Маламайка — из того же ряда. Менее вероятная, но возможная версия: фамилия могла произойти от названия местности, где жили «маламайщики» — люди в характерных накидках, но это уже домысел без документальных подтверждений.

Ударение, судя по произносительной норме, падает на последний слог: Малама́йкина. В дореволюционных переписях и метрических книгах фамилия почти не встречается, что говорит о её локальном бытовании, скорее всего, в южнорусских или малороссийских губерниях. Официальные списки носителей сегодня тоже немногочисленны — это редкая фамилия, не утратившая связи с казачьей стариной.