Фамилия Малазония хранит в себе прозвище Малазони, а то, в свою очередь, восходит к грузинскому слову «malazoni» — диалектному варианту существительного «monazoni». На русский язык оба слова переводятся одинаково: «монах». Так что в основе фамилии лежит не имя и не географическое название, а указание на образ жизни или род занятий предка.

Прозвище Малазони могли дать человеку, который вёл уединённый, аскетичный быт, напоминающий монашеский, — даже если он не был пострижен в монахи. В крестьянской и казачьей среде так иногда называли богомольных, нелюдимых или просто избегающих мирской суеты людей. Вполне возможно, что предок носителя фамилии Малазония действительно был церковнослужителем или послушником.

С точки зрения словообразования фамилия выглядит необычно для русского уха: суффикс «-ия» вместо привычных «-ов», «-ев» или «-ин». Это прямо указывает на грузинские корни. В грузинской ономастике фамилии на «-ия» (реже «-иа») — один из самых распространённых типов, особенно в Западной Грузии (регионы Гурия, Имеретия, Мегрелия). Таким образом, географически фамилия Малазония почти наверняка привязана к западным областям Грузии.

В русской среде фамилия могла закрепиться в результате миграций XIX–XX веков, когда жители Грузии переселялись в другие регионы Российской империи. Из-за редкости и нестандартного окончания она хорошо сохранила исходную форму, не обрусев до «Малазонов» или «Малазонин». Сегодня она встречается в основном на юге России, в Краснодарском крае, а также в Абхазии — то есть там, где исторически сложились грузинские диаспоры.

Других версий происхождения, сколько-нибудь убедительных, нет. Связь с итальянским «malazona» (плохая зона) или греческими корнями выглядит натянутой и не подтверждается ни географией бытования, ни типичной моделью образования грузинских фамилий. Самое прямое и надёжное объяснение — от грузинского «монах».