Фамилия Мальфанова — редкий случай, когда в основе, скорее всего, лежит не славянское прозвище, а иноязычное имя. Если отбросить суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Мальфана), остаётся корень Мальфан-. Прямых аналогов в русских говорах нет, поэтому первая и самая вероятная версия ведёт к тюркскому или арабскому мужскому имени Мальфан (варианты: Малфан, Мальфан). В тюркских языках это имя могло означать «богатый», «изобильный» или быть связанным с понятием «имущество, добро». Вторая версия, менее надёжная, но возможная — искажение греческого имени Мелхиседек через народную этимологию: в русских деревнях сложные церковные имена нередко переделывали до неузнаваемости, и Мальфан могло стать сокращением от длинного канонического имени.

Женская форма Мальфанова указывает, что первоначально фамилия принадлежала женщине (вдова или дочь Мальфана), но в современном употреблении она склоняется по общим правилам. Географически фамилия тяготеет к югу России и Поволжью — регионам, где исторически сильны тюркские и татарские влияния. Встречается она крайне редко, что говорит о локальном происхождении: возможно, родоначальник был единственным носителем имени Мальфан в своей округе, и фамилия закрепилась за одной ветвью.

С точки зрения словообразования фамилия архаична: модель «имя + -ов» без дополнительных суффиксов (как в фамилиях Иванов, Петров) характерна для раннего этапа формирования русских фамилий в XVI–XVII веках. Это значит, что предки Мальфановых были не знатными людьми, а крестьянами или посадскими, которых записывали по имени отца. Сословных ограничений фамилия не несёт — её носители могли быть как вольными крестьянами, так и государственными. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия почти не встречается, что подтверждает её малочисленность: в современной России Мальфановых насчитывается, по разным оценкам, не более нескольких сотен человек.