Фамилия Малиани — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не связано со славянскими корнями. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, образованных суффиксами -ов, -ев, -ин, окончание -и здесь не является типичным для исконно русской модели. Фамилии на -ани, -иани в русском контексте чаще всего указывают на грузинское или итальянское происхождение.

Версия о грузинских корнях выглядит наиболее правдоподобной. Окончание -ани (-იანი) в грузинских фамилиях — один из самых распространённых патронимических суффиксов, обозначающий принадлежность к роду или происхождение от предка. Например, фамилии типа Орбелиани, Дадиани, Чавчавадзе (хотя там суффикс -дзе) — все они знатного или древнего происхождения. Малиани могла образоваться от грузинского имени или прозвища Малиа, что, в свою очередь, может восходить к слову «мали» (მალი) — в некоторых диалектах означающему «поле» или «луг», либо к личному имени. Таким образом, Малиани — «принадлежащий к роду Малиа» или «выходец из местности, связанной с Мали».

Итальянская версия менее вероятна для фамилии, закрепившейся в русской среде, но не исключена. В Италии фамилия Maliani (Малиани) — вполне реальная, образованная от имени Malio (уменьшительная форма от имени Марио или Эмануэле) с патронимическим суффиксом -ani. Если носитель фамилии — потомок итальянских архитекторов, художников или купцов, работавших в России в XVIII–XIX веках, то корни стоит искать именно там. Однако в таком случае фамилия, скорее всего, сохранила бы ударение на второй слог (Малиа́ни), в то время как в русском языке её часто произносят с ударением на первый (Ма́лиани), что ближе к грузинской фонетике.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Малиани не содержит славянских суффиксов, что сразу выводит её за рамки типичного крестьянского или служилого сословия центральной России. Носители такой фамилии могли быть либо выходцами с Кавказа (грузинами, обрусевшими или жившими в Российской империи), либо потомками иностранных специалистов. В любом случае, это фамилия, указывающая на нестандартную семейную историю, не связанную с прозвищем по профессии или внешности, а — с именем родоначальника или местом его происхождения.