Фамилия Малипуськин — редкая и звучит необычно, но её происхождение укладывается в типичную для русских фамилий модель. Основа здесь, скорее всего, не связана с каким-то конкретным ремеслом или именем вроде «Малипуська» — такого имени в святцах нет. Всё упирается в суффикс -уськ-, который сразу выдаёт украинское или южнорусское влияние. В русских фамилиях чаще встречаются -ов/-ев или -ин, а вот -уськ- (как в фамилиях Малоськин, Голуськин) — это уменьшительно-ласкательный суффикс, характерный для прозвищ на Украине и в южных областях России.

Сам корень «Малип-» — самое интересное. Вероятнее всего, это искажённое или диалектное произношение слова «маленький». В южных говорах «малый» часто превращалось в «малинький», а через редукцию гласных и упрощение могло дать «малип-». То есть прозвище Малипуська — это ласковое обращение к низкорослому или младшему члену семьи, вроде «малышок», «малюська». Вторая версия, менее правдоподобная, но возможная, — связь с диалектным глаголом «малипеть» (медлить, копаться), который фиксировали в рязанских говорах. Тогда прозвище мог получить неторопливый человек.

Фамилия образована по типичной для восточнославянских фамилий схеме: прозвище на -уська → притяжательное прилагательное с суффиксом -ин (Малипуськин — «чей?» — сын Малипуськи). Суффикс -ин указывает на принадлежность к конкретному человеку, что характерно для фамилий крестьянского и мещанского сословий, особенно в XVII–XIX веках. Дворянские фамилии чаще заканчивались на -ов, но Малипуськин — явно не из их числа.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине. В дореволюционных метрических книгах единичные носители встречаются в Харьковской и Курской губерниях. В современной России фамилия крайне редкая: по открытым базам данных — не более пары десятков человек, в основном в Ростовской области и Краснодарском крае. Это подтверждает южное происхождение.

Если сравнивать с однокоренными, то фамилии Малыхин, Малюгин, Малюков распространены шире, но у них другая суффиксальная природа. Малипуськин стоит особняком именно из-за редкого уменьшительного суффикса -уськ-, который в русских фамилиях почти не встречается. Так что предок носителя этой фамилии, скорее всего, был человеком невысокого роста или младшим в роду, а его прозвище записали так, как слышали в местном говоре.