Фамилия Мальмастер — редкий случай, когда русская по форме фамилия имеет очевидное иноязычное ядро. В ней без труда угадывается немецкое или скандинавское слово Meister («мастер») в сочетании с корнем Mal-. В германских языках Mal может означать «знак», «пятно» или «отметина», а в некоторых диалектах — «судебное разбирательство». Таким образом, буквальное значение прозвища — «мастер знаков» или «мастер отметин».

Однако в русском контексте фамилия обросла дополнительными смыслами. Скорее всего, она появилась в среде обрусевших немцев или прибалтийских ремесленников, которых приглашали в Россию в XVIII–XIX веках. Мальмастером могли называть мастера по нанесению клейм (например, на оружие, монеты или продукцию), а в переносном смысле — человека, который «ставит метки», то есть знатока, эксперта. Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с французским mal («плохой») — тогда «Мальмастер» могло быть ироничным прозвищем неумелого мастера. Но это противоречит тому, что в русской среде фамилию обычно давали по реальному занятию, а не по насмешке.

Суффикс -ер (вместо привычного -ов или -ин) указывает на то, что фамилия не прошла полную русификацию: её зафиксировали в форме, близкой к исходной. Встречается она в основном на северо-западе России — в Петербургской, Псковской губерниях, а также в Прибалтике, где было много немецких колоний. Носители Мальмастеров в XIX веке часто значились мещанами или цеховыми ремесленниками, что подтверждает профессиональную версию происхождения.

Среди однокоренных фамилий — Шульцмастер, Бирмастер, но Мальмастер стоит особняком из-за неоднозначности первого корня. В отличие от простых «мастеровых» фамилий (Кузнецов, Столяров), она сохранила память о конкретной, узкой специальности, которая в современном мире почти исчезла.