Фамилия Маломоркина нечастая, и её происхождение угадывается почти сразу, но с одним важным нюансом. Основа здесь — не «морковь», как могло бы показаться на первый взгляд, а слово «морок» или «моро́ка». В старых русских говорах «моро́ка» означала нечто тёмное, хлопотное, наваждение, а также смуту или обман. Прозвище Морока давали человеку непонятливому, медлительному или тому, кто постоянно создавал лишние хлопоты. Вторая часть — «мало» — либо усиливает прозвище («мало моро́ки», то есть человек, с которым мало хлопот, простой), либо, что вероятнее, работает как определитель: Малый Морока, то есть младший или меньший по значению в семье, где были и Большие Мороки.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Маломоркина — это «жена Маломорки» или «дочь Маломорки». Мужской вариант — Маломоркин. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин образуются от прозвищ, оканчивающихся на -а. Переход «морока» в «морк» — обычное стяжение в устной речи: произносить «Маломорокин» было долго, язык сократил гласную.

Важно не путать с фамилией Маломорков (от «морковь») — там совсем другая семантика, связанная с прозвищем по овощу. В случае Маломоркина корень «морок» даёт более тёмный, психологический оттенок: предок мог быть человеком незлым, но «замороченным» или, наоборот, тем, кто не любил лишней суеты. Географически фамилия встречается в основном в Поволжье и на Урале, куда переселенцы из северных губерний принесли диалектное слово «моро́ка».

Сословно носителями были скорее всего крестьяне или посадские люди — прозвища такого типа редко давали знати. В документах XVII–XVIII веков можно встретить крестьян Морокиных, а Маломоркины — их ответвление с уточняющей приставкой. Прямых известных носителей фамилии в истории не зафиксировано, что типично для редких патронимических прозвищ, не ставших дворянскими.