Фамилия Малонкина — женская форма мужской фамилии Малонкин, и её разбор сразу отсекает несколько популярных, но ошибочных догадок. На слух она напоминает «маленький», и многие интуитивно связывают её с прилагательным «малый» или словом «мало». Однако в русском языке модель образования от прилагательного через суффикс -онк- нетипична: если бы основа была «мал», мы бы получили Малкин, Малов или Малёнкин (от «малёнький»). Суффикс -онк- (а в женском варианте -онк-ин) указывает на иную, более редкую словообразовательную цепочку.

Скорее всего, в основе фамилии лежит не прилагательное, а прозвище или имя, образованное с помощью уменьшительно-пренебрежительного суффикса -онк-. В русских говорах и ономастике такой суффикс мог добавляться к имени или прозвищу для придания оттенка: скажем, от имени Малафей или Малахия (редкое календарное имя) могло возникнуть прозвище Малона, а от него — Малонка, сын которого становился Малонкиным. Другая версия, более правдоподобная, — связь с диалектным словом «малонька» (в рязанских, тамбовских говорах — «маленькая, малая»), но здесь суффикс -оньк- дал бы фамилию Малонькин, а -онк- — это огрублённая форма, характерная для северных и сибирских говоров, где «малонка» могли назвать низкорослого человека.

Географически фамилия Малонкина встречается редко, и её очаги — не центральные области России, а регионы, куда в XVII–XVIII веках переселялись крестьяне из Поморья и Вятки: Зауралье, Пермский край, Кировская область. В этих местах суффикс -онк- был продуктивен при образовании прозвищ и фамилий (сравните: Шишонкин, Козонкин). Социальный контекст однозначный: фамилия крестьянская, и её носители, скорее всего, были государственными или монастырскими крестьянами, а не дворянами — в родословных книгах дворянских родов Малонкины не значатся.

Есть и спорная гипотеза, которую иногда выдвигают: связь с финно-угорским корнем (например, коми-пермяцкое «мал» — «ягода» или марийское «мала» — «медведь»). Но она слаба: фамилия имеет прозрачную славянскую морфологию, и вводить субстратную версию без документальных подтверждений (например, записи в писцовых книгах Перми Великой) нет оснований. Итак, Малонкина — это «дочь или жена Малонки», а сам Малонка — человек с прозвищем, которое в его говоре означало «маленький, неказистый» или, возможно, было производным от редкого имени.