Фамилия Малпаях — редкая и территориально привязанная. Её носители почти поголовно встречаются в одном месте: это потомки жителей деревни Малпаях, которая стояла (а некоторые источники утверждают, что стоит до сих пор) на севере Красноярского края, в Эвенкийском районе. Сама фамилия — по сути, географическое прозвище, превратившееся в наследственное имя: человека, выходца из этого селения, записывали как «Малпаях» — то есть «малпаяхский», «из Малпаяха».

Название деревни, в свою очередь, имеет эвенкийские корни. Эвенки, коренной народ этих мест, часто давали стойбищам и стоянкам имена по ближайшему ориентиру, реке или урочищу. «Мал» в эвенкийском может означать «мелкий», «небольшой», а «паях» (или «паяк») — «камень», «скала». Таким образом, Малпаях — «маленькая скала» или «мелкий камень». Вероятно, поселение стояло у небольшого скального выхода или на каменистом берегу реки.

Словообразовательная модель проста: фамилия образована без суффикса, путём переноса названия места в чистом виде. В русской ономастике это довольно архаичный и редкий способ, характерный для Сибири и Севера, где фамилии нередко калькировали топонимы из местных языков. Никаких типичных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский) здесь нет, что сразу выдаёт нерусское происхождение основы.

С точки зрения сословной принадлежности, предки носителей фамилии Малпаях — скорее всего, не крепостные крестьяне, а государственные или «инородческие» (так в Российской империи называли коренные народы Сибири). Они занимались охотой, рыболовством, оленеводством. Фамилия не получила широкого распространения за пределами Эвенкии и не встречается в европейской части России, что делает её ярким маркером конкретного регионального происхождения.