Фамилия Малшенков образована по типичной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Малшенков, то есть сын или потомок человека по прозвищу Малшенко. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Малша (уменьшительная форма от Малой, Малый). В древнерусской традиции «малым» называли младшего сына, низкорослого человека или того, кто занимал подчинённое положение. Суффикс -енк- в прозвище Малшенко — характерная украинская, белорусская или южнорусская уменьшительная форма, распространённая на Слобожанщине, Черниговщине и в приграничных областях России. Таким образом, Малшенков — это фамилия, которая буквально означает «внук или потомок Малшенки», где Малшенко — это «маленький Малой».

Интересная деталь: фамилия Малшенков встречается заметно реже, чем однокоренные Малков, Малышев или Мальцев. Это говорит о том, что её носители происходят из довольно узкого локального гнезда, скорее всего, из южных регионов России (Курская, Белгородская, Воронежская области) или с Украины. В официальных документах XIX века фамилия могла фиксироваться в формах Малшенко (без русификации) и Малшенков — в зависимости от того, в какое сословие записали предка и насколько далеко он ушёл от места первоначального бытования.

Есть и вторая, менее вероятная версия: основа могла быть связана с тюркским словом «мал» (скот, имущество) или с именем Мал, которое встречалось у тюркских народов. Но для фамилии Малшенков эта гипотеза слабая — суффикс -енк- и типично славянская уменьшительная форма Малша указывают именно на восточнославянское происхождение. Если предок и имел тюркские корни, то прозвище уже было переосмыслено по-русски.

Социальный контекст: носители фамилии почти наверняка были крестьянами или однодворцами (особенно в южных губерниях). Фамилия не встречается в старинных боярских списках, и её носители не попали в высшие сословия — это «народная» фамилия, возникшая в среде, где фамилии закреплялись поздно, часто уже после отмены крепостного права. Поэтому точную дату появления Малшенковых установить сложно, но можно уверенно говорить о второй половине XVII — начале XVIII века, когда формировались фамилии на -енко и -енков в Поднепровье и на южной окраине Московского государства.