Фамилия Малтекова — редкий пример тюркской по происхождению фамилии, которая попала в русскую ономастику через восточные регионы. Её основа — мужское имя или прозвище Малтек, которое состоит из двух частей: «мал» (скот, имущество, богатство) и «тек» (одинокий, единственный, либо суффикс принадлежности). В тюркских языках «малтек» могло означать «единственное богатство» или «единственный скот» — так в прошлом называли единственного сына в семье, подчёркивая его ценность как наследника и кормильца. Встречается и версия, что «Малтек» — это вариант имени Малдыбек или Малтабар, где первый корень тот же, а второй меняется под местные диалекты.

Суффикс -ов(-а) указывает на русскую модель оформления фамилии по отчеству: Малтекова — дочь или жена Малтека. Такое окончание характерно для фамилий, которые закреплялись в документах XIX–XX веков у народов Поволжья, Урала и Сибири — татар, башкир, казахов, ногайцев. В этих регионах фамилии часто записывали по русскому образцу, добавляя к тюркской основе -ов/-ев. Сейчас носители фамилии Малтекова встречаются в основном в Оренбургской области, Башкортостане и Татарстане, что подтверждает её восточную привязку.

Интересная деталь: в отличие от более распространённых фамилий на -ов, здесь основа не обрусела и не утратила тюркского звучания. Это говорит о том, что фамилия закрепилась сравнительно поздно, уже в период активного учёта населения, когда имя Малтек ещё бытовало как личное. Среди однокоренных — фамилии Малтеков, Малдыбаев, Малтабаров, но Малтекова стоит особняком из-за компактной двухсложной основы, которая не даёт однозначной расшифровки без знания местного говора.