Фамилия Малущенко образована по модели, характерной для украинской ономастики. Суффикс -енко указывает на «малого» или «сына»: Малущенко — буквально «сын Малуши». В основе лежит мирское имя или прозвище Малуша, которое в древнерусской традиции давали младшему ребёнку в семье, независимо от пола. В семьях маленького ребенка часто называли просто Мальцом, Малютой, Малышом, Малушей. Связь с именем Малуша подтверждается и тем, что это имя носила, например, ключница княгини Ольги, мать князя Владимира Святославича. И даже когда ребёнок становился взрослым, он по-прежнему носил детское имя Малуша, которое впоследствии закрепилось в фамилии.

Согласно другой гипотезе, фамилия Малущенко восходит к прозвищу Малуша, которое указывало на особенности внешности человека, а именно — невысокий рост. Такие прозвища были распространены повсеместно: человека маленького роста в быту называли Мал, Малюта, Малыш. Таким образом, потомок человека, обладающего именем или прозвищем Малуша, со временем получил фамилию Малущенко.

Фамилия редкая, её географическое распространение сосредоточено в основном на территории исторической Черниговщины и Полтавщины, что типично для фамилий на -енко. Встречаются варианты написания с одной «с» — Малушенко, но форма с «щ» (Малущенко) точнее передаёт украинское произношение исходного имени Малуша: звук [шч] возникает при добавлении суффикса к основе на мягкий шипящий.