Фамилия Малякшина — женская форма фамилии Малякшин. Она образована по самой распространённой в русском языке модели: от мужского прозвища или имени с помощью суффикса -ин, указывающего на принадлежность («чей?» — Малякшина — дочь или жена Малякшина). В основе фамилии лежит прозвище Малякша.

Корень «маляк» в русских говорах многозначен, и ономасты выделяют две основные версии его происхождения. Первая: диалектное слово «маляк» означало «малорослый человек», «коротышка». В таком случае прозвище давали невысокому мужчине. Вторая версия связывает слово с глаголом «малевать» (рисовать, красить). Тогда Малякшей могли называть маляра или иконописца. Эта версия выглядит правдоподобнее, если учесть, что в северных и сибирских говорах слово «маляка» действительно фиксировалось в значении «художник» или «плохой живописец». Суффикс -ша в прозвище — редкий, он придаёт основе уменьшительно-пренебрежительный оттенок, характерный для бытовой речи: Малякша — буквально «маленький маляр» или «маляришка».

Встречается фамилия и в варианте Малякшин, что указывает на возможное смешение с фамилиями на -кин, образованными от имён вроде Маляка (с суффиксом -ка). Однако форма Малякша — более архаичная, она могла закрепиться в среде, где прозвища на -ша были обычны (сравните: Микша от Михаил, Фекша от Фёкла).

Географически фамилия Малякшина встречается в основном в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях, что косвенно подтверждает версию о северном диалектном происхождении слова «маляка». Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, занимавшимися ремеслом — покраской домов, лодок или церковной утвари. В дворянских родословных книгах фамилия не отмечена.

Таким образом, фамилия Малякшина — это не просто указание на родство, а сохранившееся в языке прозвище, которое с высокой долей вероятности описывало занятие предка: он мог быть либо маляром-ремесленником, либо, в более редком значении, человеком маленького роста. Разобраться точнее помогли бы данные о конкретной семье: если в роду передавались предания о художниках или иконописцах, версия с «малеванием» становится основной.