Фамилия Малышников образована от прозвища или мирского имени Малыш. В древнерусском языке слово «малыш» означало не только ребёнка, но и человека невысокого роста, младшего в семье или просто того, кого ласково называли «малы́шом». Это прозвище было распространено повсеместно и не несло уничижительного оттенка — скорее, указывало на внешность или возраст. Фамилии на -ов, -ев, -ин традиционно принадлежали крестьянам и посадским людям, реже — духовенству.

Особенность фамилии — в суффиксе -ников. В русской ономастике фамилии на -ников часто образовывались от названий профессий (Кузнецов — сын кузнеца) или от прозвищ, оканчивающихся на -ник. Но в случае с Малышниковым основа «Малыш» не даёт прямого профессионального значения. Вероятнее всего, модель здесь вторичная: сначала возникла фамилия Малышов (от Малыш), а затем, под влиянием более частотных фамилий на -ников (как Сысойников от Сысой), появился вариант Малышников. Такое «наращивание» суффикса встречается в северных и центральных губерниях России, где фамилии нередко видоизменялись в быту.

Географически фамилия Малышников — редкая. По данным переписей XIX–XX веков, её носители встречались преимущественно в Вятской, Пермской и Костромской губерниях. Это указывает на возможное происхождение из среды государственных или экономических крестьян, которые часто получали фамилии не по отцу, а по деду или по уличному прозвищу. В метрических книгах можно найти параллельные формы: Малышев, Малышов, Малышонков — все они однокоренные, но Малышников стоит особняком из-за суффикса -ник.

Исследователи русских фамилий, в частности Б. Унбегаун, отмечают, что фамилии с суффиксом -ников часто возникали в тех случаях, когда основа оканчивалась на -ш, -ж, -ч, чтобы избежать неблагозвучия. В фамилии Малышников этого не требуется — основа и так заканчивается на -ш, но вариант Малышов звучал бы короче. Поэтому можно предположить, что Малышников — это более поздняя, «книжная» форма, закрепившаяся в документах при переписи населения в XVIII–XIX веках.

Если ваш предок носил фамилию Малышников, скорее всего, он был крестьянином из северных или приуральских губерний, а его прозвище указывало на то, что в роду он был самым младшим или невысоким. Фамилия не имеет отношения к современному слову «малыш» в значении «ребёнок» — в старину так называли любого, кто выделялся ростом или возрастом, независимо от статуса.