Фамилия Мальжунова — женская форма фамилии Мальжунов, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Мальжун. Слово это звучит необычно для русского уха, и сразу бросается в глаза редкий суффикс -ун-: в русских фамилиях он встречается нечасто и обычно указывает на прозвище, данное по действию или характерному признаку (ср. Болтун, Молчун, Говорун). Основа «мальж-» — вот где главная загадка.

Вероятнее всего, в основе лежит диалектное или искажённое слово. В южнорусских и украинских говорах «мальжа» или «мальж» могло означать «маленький, невысокий человек» (от общеславянского «мал»). Суффикс -ун- в таком случае усиливал значение: Мальжун — «очень маленький, коротышка». Прозвище давали либо за низкий рост, либо, по народной иронии, наоборот — рослому человеку.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с тюркскими корнями. В ряде тюркских языков «мал» — скот, а «жун» (джун) — шерсть, руно. Тогда Мальжун могло быть прозвищем скотовода или торговца шерстью. Но для русского ономастикона эта версия слабая: фамилия не фиксируется в регионах активных тюркско-славянских контактов, а суффикс -ун- в русских фамилиях тюркского происхождения встречается крайне редко.

Географически фамилия Мальжуновых редкая. Основные очаги — юг России (Воронежская, Ростовская области) и восток Украины. Это говорит о том, что прозвище возникло в зоне украинско-русского пограничья, где диалектная лексика смешивалась особенно активно. В документах XIX века фамилия не встречается среди дворянства или купечества — скорее всего, предки были крестьянами или однодворцами.

Таким образом, Мальжунова — фамилия с прозрачной, хоть и неочевидной на первый взгляд, внутренней формой. Она не восходит к крестильному имени, не связана с ремеслом или профессией. Её корень — в живом народном слове, которое когда-то метко описывало внешность или характер предка.