Фамилия Маматходжаев — яркий пример того, как русская патронимическая модель (-ев) накладывается на мусульманское имя арабского происхождения. В основе лежит составное имя Маматходжа, где первая часть «Мамат» — это фонетический вариант имени Мухаммад (Магомед), адаптированный в тюркской языковой среде. Вторая часть «ходжа» — почётный титул, восходящий к персидскому слову «хваджа» (господин, хозяин, наставник). В исламской традиции ходжами называли потомков пророка, купцов или уважаемых учителей, но в Средней Азии этот термин закрепился шире — за любым грамотным и состоятельным человеком, особенно из числа духовенства или торговцев.

Фамилия образована по русскому образцу: к основе Маматходжа прибавлен патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность («сын Маматходжи»). Такой способ оформления фамилий типичен для народов Средней Азии, оказавшихся в составе Российской империи и СССР, — местные имена и прозвища русифицировали, добавляя стандартные окончания. В самой Узбекской ССР фамилия Маматходжаев (и её варианты, например, Маматходжаев) встречается в основном среди узбеков и таджиков, причём географически тяготеет к Ферганской долине и Ташкентской области — регионам, где исторически были сильны позиции исламских учёных и купцов-ходжей.

Словообразовательная модель здесь необычна тем, что в русской фамилии соединились два семантически насыщенных элемента: имя пророка и социальный титул. Это говорит о том, что предок носителя фамилии, скорее всего, был человеком заметным в своей общине — либо потомственным религиозным деятелем, либо зажиточным ремесленником или торговцем, носившим почётное звание. В отличие от фамилий на -ов, образованных от простых имён (Иванов, Петров), Маматходжаев сразу указывает на высокий статус основателя рода.

С точки зрения ономастики, фамилия относится к сравнительно позднему слою — её массовое оформление пришлось на конец XIX — начало XX века, когда в Туркестане вводили обязательную метрическую регистрацию. До этого носители имени Маматходжа обходились без фамилий, используя отчество (Маматходжаевич) или родовое прозвище. Интересно, что в узбекской среде существует и вариант без русского суффикса — просто Маматходжа, но в паспортной системе закрепилась именно русифицированная форма.

Сегодня фамилия остаётся редкой за пределами Средней Азии, хотя встречается в диаспорах России, Казахстана и Турции. Её написание устойчиво: двойное «а» в корне (Мамат-, а не Мамет-) и «дж» вместо «ж» — признак того, что в исходном тюркском произношении слышался звонкий аффрикат.