Фамилия Маматохунова — яркий пример того, как русская суффиксальная модель (-ов) наложилась на восточное личное имя, создав фамилию, которая географически и этнически привязана к регионам с тюркским или ирано-тюркским населением. В основе лежит мужское имя Маматохун, которое само по себе составное и требует разбора.

Имя Маматохун распадается на две части. Первая — «Мамат» — это диалектная или фонетически упрощённая форма имени Мухаммад (Магомед), широко распространённая у многих тюркских народов (узбеков, уйгуров, таджиков). Вторая часть — «охун» (или «ахун», «хун») — восходит к персидскому «ахунд» (آخوند), что означает «учёный», «наставник», «духовный учитель» или «мулла». В Средней Азии этот титул часто давался уважаемым религиозным деятелям или просто грамотным людям. Таким образом, имя Маматохун буквально переводится как «Мухаммад-учитель» или «Мухаммад-ахунд» — то есть человек, названный в честь пророка и при этом обладающий духовным статусом.

Фамилия Маматохунова образована по классической русской модели: к основе мужского имени Маматохун добавился суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Маматохуна). Женская форма на -а означает, что носительница — женщина из рода Маматохуновых. Мужской вариант — Маматохунов.

Географически фамилия почти наверняка происходит из Средней Азии, скорее всего из Узбекистана или Таджикистана, где такие составные имена с титулами были обычны. В русском контексте она появилась, вероятно, в советское время, когда у народов региона активно оформлялись фамилии по русскому образцу. Редкость фамилии — её главная особенность: она почти не встречается за пределами Средней Азии и не имеет массового распространения в России. Это не случайная запись, а устойчивый родовой признак, указывающий на предка, который, судя по имени, был уважаемым человеком в своей общине — возможно, муллой или учителем при мечети.