Фамилия Манайникова — женская форма фамилии Манайников, и её разбор стоит начать с довольно редкого суффикса -ик-. В русской ономастике фамилии на -иков обычно указывают на человека, который имел отношение к чему-то или кому-то, названному основой. В данном случае основа — «Манай». Это либо прозвище, либо вариант крестильного имени.

Самая вероятная версия: в основе лежит имя Мануил (библейское Иммануил — «с нами Бог»). В народной речи это имя часто сокращалось и искажалось: Мануйло, Мануйла, а затем — Манай. Суффикс -ик- в таких фамилиях (ср. Кузьмиков, Никитиков) образовывал отчество второго порядка: «Манайников» — буквально «внук (или сын) Маная». То есть предок носителя фамилии был не просто Манаем, а потомком человека по имени Манай (Мануил).

Есть и вторая, менее вероятная версия: от тюркского мужского имени Манай (у некоторых народов Поволжья и Средней Азии оно означает «крепкий», «выносливый»). В этом случае фамилия могла возникнуть в среде, где русские фамилии давали по прозвищу, полученному от татарского или башкирского имени. Однако для фамилии с типично русским суффиксом -ов и редким -ик- версия с православным Мануилом выглядит убедительнее.

Географически фамилия Манайников встречается нечасто. Основные очаги — центральные регионы России (Тульская, Рязанская, Липецкая области) и отчасти Поволжье. Это говорит о том, что носители фамилии — потомки крестьян или мещан из этих мест. В дворянских родословных книгах фамилия не отмечена, что типично для «простых» отчеств на -иков.

Обратите внимание на написание: окончание -ова в женской форме указывает на принадлежность к мужу или отцу (Манайникова — «жена или дочь Манайникова»). Сама фамилия Манайников — редкий пример сохранения в фамилии уменьшительного суффикса -ик-, который в повседневной речи давно исчез из обихода, но остался в документах.