Фамилия Маназыпова — редкая, с неочевидной основой. Её происхождение, скорее всего, связано с тюркскими языками, где корень «маназ» или «манасып» мог означать «лесть», «угождение», «заискивание». В казахском, башкирском и татарском языках есть слово «маназып» (или близкое по звучанию «манасып»), которое переводится как «льстец», «подхалим» или, в более нейтральном ключе, «угодливый человек». Фамилию могли дать предку, получившему такое прозвище за характер или манеру поведения.

Суффикс -ов- типичен для русской модели образования фамилий, но в данном случае он прирос к тюркской основе. Окончание -а указывает на женскую форму; мужской вариант — Маназыпов. Такая модель характерна для регионов с сильным татарским или башкирским влиянием, особенно для Поволжья, Южного Урала и Западной Сибири. Фамилия могла возникнуть в среде служилых татар, тептярей или башкир, перешедших на русскую ономастическую традицию в XVII–XIX веках.

Альтернативная, но менее вероятная версия связывает основу с арабским «маназиль» (дом, жилище) — через искажение в тюркской среде. Однако для фамилий, образованных от прозвищ, первая версия (от «льстец») выглядит убедительнее: в ономастике прозвища по отрицательным или ярким чертам характера встречаются чаще, чем топонимические заимствования с сомнительной фонетикой.

Написание фамилии может варьироваться: в документах встречаются варианты Маназыпова, Манасыпова, Маназипова — в зависимости от местного произношения и записи в метриках. Учитывая редкость фамилии, её носители, вероятно, происходят из одного или нескольких соседних селений, где прозвище закрепилось за родом.