Фамилия Манчаускас — литовская по происхождению, и в этом её ключевая особенность. В русском языке она выглядит необычно из-за типичного литовского окончания -ас, которое в оригинале указывает на мужской род. Если убрать это окончание, остаётся основа Манчаук-, которая восходит к литовскому слову mančius или mankas. Точное значение спорно, но наиболее вероятная версия связывает фамилию с прозвищем человека маленького роста или щуплого телосложения: литовское mankas переводится как «мелкий», «небольшой», «худой». Суффикс -аук- (-aukas) в литовской антропонимии часто образует фамилии от прилагательных, указывая на характерный признак человека.

Менее распространённая гипотеза выводит основу от диалектного mančas — «ленивый», «медлительный». В таком случае Манчаускас могло быть прозвищем нерасторопного или флегматичного человека. Обе версии правдоподобны, но первая (связь с размером) встречается в ономастических описаниях литовских фамилий чаще, поскольку корень mank- в значении «малый» фиксируется в литовских говорах устойчиво.

Фамилия характерна для северо-восточных регионов Литвы, особенно для Жемайтии и окрестностей Паневежиса. Массово такие фамилии закрепились в XVIII–XIX веках, когда литовские крестьяне получили постоянные родовые имена. Манчаускас — типичная крестьянская фамилия, образованная от личного прозвища, без связи с дворянским сословием или географическим названием. В русском языке её часто склоняют по правилам литовских фамилий: Манчаускаса, Манчаускасу, хотя в бытовой речи встречается и русифицированный вариант Манчаускасов — но это уже вторичная форма, возникшая при записи в советских паспортах.