Фамилия Манчутова — женская форма, мужская — Манчутов. В основе, скорее всего, лежит прозвище или неканоническое имя Манчут. Такие имена с корнем «ман-» в русской традиции встречаются нечасто, что делает фамилию редкой и локально привязанной.

Разберём возможное происхождение корня. Первая и самая вероятная версия — тюркская. В тюркских языках «ман» может означать «родинка», «знак», «пятно». Прозвище Манчут могли дать человеку с заметной родинкой на лице или теле. Суффикс «-чут» — уменьшительный или пренебрежительный, распространённый в тюркском словообразовании (сравните с фамилиями Алчутов, Калчутов). Таким образом, Манчут — это буквально «человек с родинкой» или «пятнистый».

Вторая версия, менее надёжная, связывает фамилию с именем Мануил (Эммануил) через народную форму Манчута. Уменьшительные формы от Мануила — Маня, Манюта, Манчута — фиксируются в исторических документах. Однако эта версия слабее: переход от «Мануил» к «Манчут» через «Манчута» возможен, но не очевиден, и фамилия Манчутов встречается в регионах с сильным тюркским влиянием.

Третья, гипотетическая версия — от диалектного слова «манчут» в значении «обманщик» или «льстец». Такое слово могло бытовать в северных или сибирских говорах, но его фиксация в словарях не подтверждена, поэтому эта версия остаётся предположением.

Фамилия образована по стандартной русской модели: основа Манчут + патронимический суффикс -ов. Это указывает на то, что предка звали Манчут, а его потомки стали Манчутовыми. Географически фамилия преимущественно встречается в Поволжье, особенно в Татарстане, Башкортостане и соседних областях, что косвенно подтверждает тюркскую версию происхождения. Встречается также в казачьих областях, но значительно реже.

Сословно носители фамилии относились к крестьянам или мещанам. В дворянских родословных книгах Манчутовы не значатся. Это фамилия, возникшая в народной среде, скорее всего, в XVII–XVIII веках, когда закрепились прозвищные фамилии на тюркской основе.