Фамилия Манешкина — женская форма, а мужская, Манешкин, образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Манешкин буквально значит «чей?» — «сын (или потомок) Манешки». Основа здесь — прозвище или мирское имя Манешка.

Корень «Манеш-» неочевиден на первый взгляд. Самая прямая и правдоподобная версия: Манешка — это уменьшительно-ласкательная форма от имени Маня, которое в свою очередь является народным вариантом канонического имени Мария. В русской деревне Манешкой могли называть не только женщину, но и мужчину: в дохристианской и раннехристианской традиции такие «женские» прозвища для мужчин не редкость (как, например, Маня, Даня, Вася). Однако чаще Манешка — это прозвище, данное по матери или по женской линии, что в русской ономастике встречается, хоть и реже, чем прозвища от отца. Более того, суффикс -ешк- (-ешка) в прозвищах характерен для северных и северо-западных говоров, где он придаёт слову оттенок ласкательности или пренебрежительности: Манешка, Ванешка, Петрушка. То есть географически фамилия Манешкин могла возникнуть именно в тех регионах — в Новгородской, Псковской или Архангельской губерниях.

Менее вероятная, но возможная версия: прозвище Манешка могло быть связано с диалектным словом «манежить» — нянчить, качать на руках, баловать. В этом случае Манешкой называли изнеженного или капризного человека, которого «манежили». Но эта гипотеза слабая, так как глагол «манежить» имеет корень от французского «manège» (выездка лошадей) и в русские прозвища попал поздно, в основном в дворянской среде, а не в крестьянской, от которой и пошла масса фамилий на -ин.

Таким образом, предок носительницы фамилии Манешкина, скорее всего, был человеком, которого в быту звали Манешкой — либо по имени матери (Марии), либо как ласковое прозвище. Фамилия недворянская, типичная для крестьянского или мещанского сословия, и её распространение, вероятно, ограничено севером России.