Фамилия Мангупли — редкая, и её происхождение напрямую связано с историей Крыма. В основе лежит топоним Мангуп — название средневекового города-крепости в горном Крыму, столицы княжества Феодоро. Суффикс -ли в тюркских языках указывает на принадлежность к местности: Мангупли буквально означает «из Мангупа», «мангупский». Так могли прозвать выходца из этого города или человека, имевшего к нему какое-то отношение.

Сложность в том, что Мангуп был населён разными народами: греками, готами, аланами, караимами, крымскими татарами. Поэтому фамилия Мангупли не указывает на конкретную этническую принадлежность — она скорее географическая метка. Носителями могли быть потомки греков (например, из числа так называемых «мангупских греков»), караимов или крымских татар, покинувших крепость после её взятия турками в 1475 году.

Поскольку фамилия не имеет славянского суффикса (-ов, -ин, -ский), она почти наверняка была записана в исходной тюркской или греческой форме. В России и Украине такие фамилии встречаются крайне редко, в основном у потомков крымских переселенцев или в среде караимских общин. Встречаются варианты написания: Мангуплы, Мангуплий, но принцип образования тот же.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: основа Мангуп + аффикс принадлежности -ли. В отличие от многих русских фамилий, которые строятся через отчество, Мангупли — это прямое указание на родину предка, «человек из Мангупа». Это роднит её с фамилиями вроде Казанлы, Бахчисарайлы, но в отличие от них, Мангупли отсылает к конкретному исчезнувшему городу-государству, что делает фамилию живым свидетельством истории Крымского полуострова.