Фамилия Манибулина — женская форма от Манибулин, и её редкость сразу бросается в глаза. В отличие от массовых фамилий на -ов и -ин, здесь мы видим суффикс -улин, который указывает на происхождение от прозвища или имени, оканчивающегося на -уля. Такая модель характерна для восточнославянской, особенно русской, ономастики: Манибулин — это буквально «сын (или потомок) Манибулы».

Теперь о самом прозвище Манибула. В нём слышны два корня: «манить» (звать, привлекать, обманывать) и «була» (от тюркского «була» — «пёстрый», «рябой», или от «булат» — сталь, меч). Скорее всего, перед нами сложное прозвище, которое могли дать человеку с заметной внешностью или характером. Первая часть — «мани» — могла означать «манящий», «завлекающий», а вторая — «була» — указывала на пёструю, неоднородную окраску (например, веснушки или седину). В тюркских языках «була» часто встречается в кличках животных с пятнистым окрасом, а в русских говорах закрепилось как прозвище рябого человека. Таким образом, Манибула — это, вероятно, «тот, кто манит пёстрой внешностью» или, в переносном смысле, «обманчиво пёстрый» — человек хитроватый, с виду не такой, как есть.

Географически фамилия Манибулин (и Манибулина) встречается в Поволжье и на Урале, где столетиями смешивались русские и тюркские языки. Это не случайно: прозвище собрало в себе славянский глагол и тюркское прилагательное, что типично для зоны активного межэтнического контакта. В таких местах фамилии нередко рождались из бытовых, а не книжных слов.

Вторая, менее вероятная версия: Манибула могло быть искажённым мужским именем типа Мануил (библейское имя) с тюркским суффиксом -була. Но это объяснение слабее, потому что для перехода Мануил → Манибула нет убедительных фонетических примеров, а прозвищная основа «манить» + «була» лежит на поверхности.

Носители фамилии Манибулина, скорее всего, потомки крестьян или посадских людей из смешанных русско-татарских или русско-башкирских семей. Фамилия не дворянская и не купеческая — её не встретишь в родословных книгах, но она сохранила живое прозвище, которое когда-то точно описывало конкретного человека.