Фамилия Маниханов — яркий пример того, как тюркское имя и русский суффикс могут создать крепкую и узнаваемую фамилию. Её основа происходит от мужского имени Манихан, которое в свою очередь сложено из двух компонентов: «Мани» (вариант имени Мани, восходящего к древнеперсидскому или согдийскому, или же к арабскому «мани» — «препятствующий», «защищающий») и «хан» — титул правителя, князя. Таким образом, имя Манихан можно истолковать как «защитник-правитель» или «князь Мани».

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий нерусского происхождения: к тюркскому имени Манихан прибавили патронимический суффикс -ов. Фамилия Маниханов буквально означает «потомок Манихана» или «принадлежащий Манихану». Такой тип фамилий массово закреплялся в XIX веке при переходе народов Поволжья, Урала и Сибири на русское делопроизводство. Поэтому географически фамилия Маниханов особенно распространена среди татар, башкир и других тюркоязычных народов.

Интересно, что имя Мани встречается не только в тюркской, но и в манихейской традиции — как имя пророка Мани, основателя манихейства. Однако в бытовом обиходе татарских и башкирских семей имя Манихан, скорее всего, не связано с религиозным учением, а является традиционным сложносоставным именем с пожеланием знатности и защиты. Параллельно с фамилией Маниханов существуют однокоренные фамилии Манихин, Манин, а также более редкие Маниханский — все они восходят к тому же корню, но различаются суффиксами, указывающими на разные регионы или этапы адаптации.

В документах XIX века фамилия Маниханов встречается в метрических книгах Казанской и Уфимской губерний, что подтверждает её привязку к Волго-Уральскому региону. Предки носителей этой фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами, получившими фамилию по имени отца или деда при переписях. Никаких сведений о дворянском происхождении или внесении в родословные книги у фамилии нет — это типичная «народная» фамилия, образованная от личного имени.