Фамилия Манищенков — один из тех случаев, где суффикс «-енков» даёт ключ к географии. В русской ономастике эта модель указывает на южнорусское или украинское происхождение: в центральных и северных областях чаще использовали суффиксы «-ов» и «-ев», а вот в бывших землях Слобожанщины, Курской, Воронежской губерний или на Дону фамилии на «-енков» были обычным делом. Их строили по схеме «отчество + уменьшительный суффикс»: Манищенко — это чей? Манищин сын, а Манищенков — уже «внук» или просто русифицированная форма той же основы.

Основа фамилии — имя или прозвище Манища. Тут возможны два пути. Первый: Манища — производное от канонического имени Мануил (через народные формы Маня, Манила, Маниша). Второй, не менее вероятный: прозвище от диалектного глагола «манить» — звать, привлекать, обманывать. В южных говорах «манила» или «манище» могло означать человека, который завлекает, обещает, но не выполняет, либо, наоборот, того, кто умеет приманивать — например, охотника или рыболова. Суффикс «-щ-» в прозвище придаёт оттенок усиления или принадлежности, так что Манища — это «тот, кто манит» или «сын Мани».

Если исходить из реалий XIX века, предки Манищенковых с большой вероятностью были крестьянами или однодворцами южных губерний России. Фамилия недворянская, без приставок и окончаний на «-ский», что тоже подтверждает её простонародное происхождение. Встречается она и сейчас преимущественно в тех же регионах — Курской, Белгородской, Воронежской областях, а также на востоке Украины.

Любопытная деталь: в старых метрических книгах фамилию могли записывать по-разному — Манищенков, Манищенко, Манищин. Разнобой в окончаниях — обычное дело для эпохи, когда фамилии только закреплялись. Современное написание с «-ов» на конце — результат поздней унификации, когда сельских жителей переписывали по великорусскому образцу. Так что Манищенков — это, по сути, та же Манищенко, но «одетая» под северного соседа.