Фамилия Манликова — женская форма мужской фамилии Манликов, и её происхождение напрямую связано с тюркскими языками. Основа фамилии — имя или прозвище Манлык. В тюркских языках, особенно в татарском, башкирском и казахском, «ман» или «манлы» может означать «родинка» или «родимое пятно». Соответственно, Манлык — это человек, у которого была заметная родинка, или же имя, данное по такой примете. В некоторых диалектах «ман» также связывают со словом «счастье» или «удача», что делает имя обережным, пожелательным.

Модель образования фамилии проста: к основе Манлык добавили русский патронимический суффикс -ов, а затем, для женской формы, — окончание -а. Это типичный случай адаптации тюркского имени в русской среде, особенно в Поволжье и на Урале, где веками шло смешение татарских и русских родов. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Манлыка», а позже — «из рода Манлыковых».

Вероятно, предки носительниц фамилии Манликова были выходцами из татарской или башкирской среды, возможно, из числа служилых людей или крестьян. Встречается фамилия и у чувашей, и у мишарей, где имя Манлык тоже было в ходу. Редкость фамилии в целом говорит о том, что род мог быть локальным, не разошедшимся широко по стране.

Интересная деталь: в некоторых старых записях фамилию писали как Манлыков, а позже, под влиянием акающих говоров, буква «ы» перешла в «и». Поэтому в документах XIX века можно встретить оба варианта, но современная норма закрепилась через «и». Сравните с однокоренными фамилиями Мансуров или Маннанов: у них другой корень, но схожая судьба — тюркское имя плюс русский суффикс.