Фамилия Манлко — редкая и неочевидная с точки зрения русского словообразования. В ней нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский, что сразу наводит на мысль: перед нами не исконно русская фамилия, а скорее всего, украинская, белорусская или польская, где распространены фамилии на -ко. Если отбросить конечное -о, остаётся основа Манл-, которая может быть уменьшительной формой от крестильного имени. Самый вероятный источник — имя Мануил (каноническая форма Еммануил), в народной речи сокращавшееся до Ман, Маня, Манько. Суффикс -л- в украинских и белорусских фамилиях встречается реже, чем -к-, но возможен как вариант: Манлко могло возникнуть из Манько через замену мягкого нь на твёрдое нл под влиянием местного говора или просто как запись на слух.

Вторая версия, менее распространённая, выводит фамилию из прозвища. В южнорусских и украинских говорах «манило» означало нечто обманчивое, призрачное, а «манливый» — заманчивый. Человек с прозвищем Манло (или Манлко) мог получить его за хитрость, льстивость или способность завлекать. Однако эта гипотеза слабее: прозвищная модель с суффиксами -л- и -к- одновременно нетипична, обычно прозвища на -ло («зубрило», «горлопан») не получали дополнительного -ко.

Географически фамилия Манлко тяготеет к западу исторической России — к территориям современной Украины, Беларуси и Польши. В дореволюционных переписях она встречается единично, например, в Волынской и Могилёвской губерниях. Носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами, поскольку фамилии на -ко в этих регионах типичны для непривилегированных сословий. Дворянские роды с таким окончанием — редкость.

С точки зрения ударения, логично ставить его на первый слог: Ма́нлко. Второй слог безударный, что характерно для фамилий, образованных от имён с суффиксом. Вариант ударения на последний слог — Манлко́ — возможен, но менее вероятен, так как противоречит ритмике исходного имени Мануил.