Фамилия Манокин — редкий пример, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с птицеловством. В русских говорах «манок» — это не только дудочка для подманивания птиц, но и сама приманка, а также птица-подсадчик, которую охотники сажали в клетку, чтобы её криком привлечь дичь. Человек, получивший прозвище Манок, скорее всего, был охотником, умело пользовавшимся манком, или же сам торговец такими птицами и приспособлениями.

Модель образования фамилии прозрачна: основа «Манок» плюс типичный русский суффикс принадлежности -ин. В отличие от фамилий на -ов, которые образуются от основ на согласный или от имён с окончанием -о (Иван → Иванов), суффикс -ин чаще присоединяется к основам, оканчивающимся на -а/-я (Сорока → Сорокин) или на мягкий согласный, но в случае «Манок» — это простое притяжательное значение: «чей?» — Манокин, то есть сын или потомок Манока.

В словаре русских фамилий Б. Унбегауна эта модель не редкость, но конкретно фамилия Манокин встречается нечасто. Есть и другой, менее вероятный вариант: происхождение от уменьшительной формы крестильного имени Мануил (от древнееврейского «с нами Бог»). В народной речи Мануила могли звать Маноком. Однако версия с промыслом выглядит убедительнее: прозвище по занятию было распространено, а имя Мануил в крестьянской среде давали не так часто, чтобы оно породило заметный пласт фамилий.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям, где охота на перелётную птицу была промыслом. Встречаются Манокины в архивах Воронежской, Тамбовской и Рязанской губерний. Среди однокоренных фамилий — Манков (от той же основы, но с суффиксом -ов) и Манушкин (от другой формы имени Мануил). При этом Манокин — более редкая, «штучная» фамилия, сохранившаяся, вероятно, в одном или нескольких локальных родах.

С точки зрения ударения, в фамилии оно падает на второй слог: Манóкин. Первый слог безударный, поэтому на письме иногда путают с фамилией Монакин (от слова «монах»), но этимологически это совершенно разные линии.