Фамилия Мануковский — один из тех случаев, когда за основу берётся не полное церковное имя, а его народная, бытовая форма. В основе здесь лежит имя Манука — уменьшительная форма от Мануйло, которое, в свою очередь, восходит к библейскому Иммануил. Это имя древнееврейского происхождения означает «с нами Бог» и в крестьянской и рабочей среде на Руси часто сокращалось до коротких и удобных в быту вариантов.

Модель образования фамилии типична для западнорусских и польских земель: суффикс -ский указывал на принадлежность к месту или роду, но в данном случае он прикрепился к личному имени, а не к топониму. Это говорит о том, что фамилию могли дать по отцу или главе семьи, которого в округе знали как Манука. Важно, что в русской ономастике суффикс -ук- (Манук-овский) часто встречается именно в производных от уменьшительных форм, что подтверждает версию о происхождении от крестильного Иммануила.

Менее вероятна, но не исключена связь с армянским именем Манук, которое переводится как «мудрый». Однако для фамилии с типично славянским суффиксом -ский эта версия слабее: армянские фамилии обычно оформляются иначе (на -ян, -янц). Скорее всего, предок носителя фамилии был простым человеком — крестьянином или ремесленником, которого в быту звали Мануком, а его дети и внуки уже записались как Мануковские. Точное место и время возникновения фамилии установить сложно, но её форма указывает на регионы, где были сильны польские и украинские влияния на русскую фамильную модель.