Фамилия Манячкина — женская форма фамилии Манячкин. В её основе, скорее всего, лежит не крестильное имя, а прозвище. Мужской вариант образован с помощью суффикса -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Манячки». Само прозвище Манячка звучит необычно, но его происхождение прозрачно.

Корень здесь — «Ман-», тот же, что в уменьшительных формах имён Мария, Мануил или даже Мануйла (просторечная форма имени Еммануил). Однако суффикс -ячк- в русских прозвищах часто придаёт слову оттенок пренебрежения или шутливой характеристики. Соответственно, Манячкой могли прозвать человека по какой-то заметной черте: например, за манеру говорить (мямлить, «манить» в значении «медлить»), за излишнюю мягкость или за привычку часто поминать имя Мария или Маня.

Есть и другая версия, менее вероятная, но не лишённая оснований. В говорах слово «манячка» могло означать нечто обманчивое, призрачное (от глагола «манить» — обманывать, завлекать). В этом случае прозвище мог получить человек несерьёзный, ненадёжный или, наоборот, хитрый. Однако первое объяснение — от личного имени — встречается в русской ономастике чаще, так как модель «имя + уменьшительно-пренебрежительный суффикс» типична для деревенских прозвищ.

Фамилия не относится к числу распространённых. Она встречается в центральных областях России, но без ярко выраженного «гнезда». В писцовых книгах и ревизских сказках XVII–XVIII веков прозвище Манячка не зафиксировано как частое, что говорит о его локальном или даже внутрисемейном характере. Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская: суффикс -ин и основа в виде прозвища — классический признак фамилий, сложившихся в среде крепостных крестьян. Дворянские роды с такой фамилией не известны.

Интересно, что фамилия Манячкин стоит в ряду однокоренных, но более редких вариантов: Маняшин, Манягин, Манюков. Все они образованы от разных форм одного корня, но именно форма с -ячк- звучит наиболее «простонародно» и колоритно, сохраняя в себе живое прозвище, а не книжное имя.