Фамилия Маняшкина — одна из тех, что сразу указывает на женское имя в основе. Чаще всего её связывают с краткой формой имени Мария — Маняшка. Имя Мария, пришедшее из древнееврейского, трактуют как «любимая», «желанная» или «госпожа». Суффикс -к- в уменьшительной форме Маняшка — характерная черта народной, бытовой речи, где такие варианты имён были обычны.

По модели образования фамилия относится к типичным русским «материнским» фамилиям на -ин. Если отец передавал фамилию по профессии или прозвищу, то здесь основой послужило имя матери. Фамилия Маняшкина буквально означает «чей?» — «дочь или жена Маняшки». Такие случаи не редкость: в крестьянской среде, где женщина могла рано овдоветь или играть заметную роль в хозяйстве, дети нередко получали фамилию по матери.

Менее вероятная, но любопытная версия связывает фамилию с прозвищем Маняшка от украинского «маняк». Это слово означало «чучело, пугало» или «привидение, кикимора». Прозвище могли дать человеку за необычную манеру одеваться, неопрятный вид или, наоборот, за пугающую внешность. Однако эта гипотеза уступает первой по распространённости: фамилии от имён встречаются гораздо чаще, чем от прозвищ с негативным оттенком.

Словообразовательная модель проста: основа Маняшк- плюс суффикс принадлежности -ин. Окончание -а указывает на женский вариант фамилии. Мужская форма — Маняшкин. Суффикс -к- в основе не редкость для русских фамилий (сравните: Машкин, Сашкин, Дашкин), что подтверждает разговорное происхождение имени.

Точное место возникновения фамилии Маняшкина установить сложно. Такие фамилии могли появиться в разных регионах России независимо друг от друга, везде, где было популярно имя Мария. Для окончательных выводов о конкретной ветви рода нужны генеалогические изыскания — работа с метрическими книгами и ревизскими сказками.