Фамилия Маргавкин — редкий пример, где географическая привязка оказывается важнее, чем прозрачность корня. Скорее всего, перед нами не исконно русская фамилия, а русифицированная форма фамилии тюркского или горско-кавказского происхождения.

Основа «Маргав-» не имеет очевидного значения в русском языке. Если отбросить типичный русский суффикс принадлежности -ин (отвечающий на вопрос «чей?»), остаётся корень «Маргавк-». Наиболее правдоподобная версия ведёт к тюркскому имени или прозвищу Маргав / Маргау. В тюркских языках (особенно в татарском, башкирском, ногайском) корень «мар» может означать «змея» или «дракон», а «гав» — «сильный», «могучий». Таким образом, Маргав могло быть прозвищем человека сильного, но опасного, или же именем-оберегом. Суффикс -к- в основе (Маргавк-) — характерный для тюркских языков уменьшительно-ласкательный или уничижительный аффикс, который в русской среде просто прирос к основе. То есть Маргавка — это уменьшительное от Маргав, а Маргавкин — «сын Маргавки».

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — связь с гидронимом. В Крыму есть река Маргавка (сейчас — Чёрная), а в древности существовал город Мангуп (Мангуп-Кале), который в некоторых источниках упоминается как Маргав. Если предки носителя фамилии были выходцами из этих мест (например, из Крымского ханства), то прозвище Маргавка могло означать «человек с Маргавки» — по реке или местности.

Фамилия Маргавкин — недворянская, не священническая. Её носители, вероятнее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, а также однодворцами (особенно на южных рубежах России, где активно шло смешение с тюркским населением). Встречается фамилия в Поволжье (Самарская, Саратовская области) и на Северном Кавказе — что косвенно подтверждает тюркскую или ногайскую версию происхождения.

Сравните с однокоренными фамилиями: Маргаев, Марганов, Маргушев — все они имеют явные тюркские корни и распространены в тех же регионах. Маргавкин стоит в этом ряду особняком из-за редкого суффикса -к-, который в русских фамилиях почти не встречается в такой позиции. Это и делает фамилию надёжным маркером того, что предок носителя был выходцем из тюркской или кавказской среды, принявшим православие и получившим фамилию по отцу — Маргавке.