Фамилия Марготкина образована от женского имени Маргота — уменьшительной формы имени Маргарита. В основе лежит греческое слово «маргаритес», то есть «жемчужина». Модель образования проста: к имени добавили суффикс -к-, передающий значение «дочь» или «маленькая», а затем — стандартный русский суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Марготкина буквально означает «дочь Марготы» или «жена Марготкина».

В русской ономастике фамилии на -ин, как правило, возникали от основ, оканчивающихся на -а или -я. Маргота — как раз такой случай. Интересно, что полное имя Маргарита вошло в русский обиход через церковнославянский язык, но народные уменьшительные формы, вроде Маргота, Марготка, бытовали в крестьянской и мещанской среде, особенно в центральных и южных губерниях. Фамилия фиксируется в архивных записях XIX века, например, в метрических книгах Тамбовской и Рязанской губерний, что указывает на её преимущественно южнорусское происхождение.

В отличие от фамилий, образованных от прозвищ или профессий, Марготкина — «матримониальная», то есть связанная с женским именем. Это редкий случай: обычно фамилии давались по отцу, но здесь в основе лежит имя матери или бабушки, что могло быть связано с ранним вдовством или особым статусом женщины в семье. Альтернативная версия — происхождение от прозвища Маргот (от французского margot — «сойка»), но она маловероятна для русских крестьянских фамилий, так как заимствования из французского в народную среду проникли поздно и единично.

Словообразовательный суффикс -к- в основе Марготка встречается и в других фамилиях от женских имён: Машуткина, Катюшкина, Лизуткина. Однако Марготкина выделяется тем, что имя Маргота — не просто уменьшительное, а довольно редкое, почти не встречающееся в современных именословах. Это делает фамилию локальной и исторически ценной: её носители, скорее всего, происходят из одного конкретного рода, где имя Маргота передавалось по женской линии.