Фамилия Марипупкина — редкая и нестандартная, её происхождение почти наверняка связано не с русскими, а с еврейскими корнями, точнее — с фамилиями, возникшими на территории черты оседлости. Основа здесь — не русское имя или прозвище, а искажённое или адаптированное еврейское женское имя Марипупка, которое, в свою очередь, — уменьшительно-ласкательная форма от Мари (Мария) с характерным для идиша суффиксом -пупке (что-то вроде «куколка», «пупсик»). Таким образом, Марипупка — это «Мари-куколка», ласковое прозвище девочки или женщины.

Суффикс -ин в фамилии Марипупкина указывает на принадлежность: буквально «дочь (или жена) Марипупки». В русской традиции такие фамилии на -ин обычно образовывались от имён или прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. Мужской вариант — Марипупкин. Фамилия не дворянская и не крестьянская в классическом смысле: она характерна для еврейских местечек (штетлов) Западного края Российской империи, где в XIX веке, после введения обязательных фамилий для евреев, многие получили прозвища, ставшие фамилиями.

С точки зрения географии, фамилия Марипупкин/Марипупкина почти не встречается в центральных русских областях. Её можно найти в метрических книгах и переписях бывших польских и украинских губерний (Волынская, Подольская, Киевская), а также у еврейских эмигрантов в США и Израиле. В России она крайне редка, и её носители, скорее всего, потомки тех, кто переехал в советское время из западных регионов.

Интересная деталь: фамилия звучит как почти гротескно-ласковая, что нетипично для русских фамилий, образованных от прозвищ (те чаще описывали внешность, характер или занятие). Здесь же — явный отпечаток местечкового юмора и нежности. Встречаются написания с одной «п» (Мариупкина) — это результат упрощения при записи в советских паспортах, когда двойные согласные часто терялись.