Фамилия Маркениди — это греческий по происхождению патроним, характерный для потомков выходцев из Понта (историческая область на южном побережье Чёрного моря). Её модель образования — одна из самых узнаваемых в греческой ономастике.

Основа фамилии — мужское имя Маркенис, которое представляет собой греческую народную форму канонического имени Марк (Markos). Суффикс -идис (в русской передаче часто -иди, -иди) — это классический греческий патронимический показатель, буквально означающий «сын» или «потомок». Таким образом, Маркениди — это «потомок Маркениса», то есть «сын маленького Марка» или «внук Марка».

В русском языке фамилия закрепилась в форме Маркениди, а не Маркенидис, что типично для фамилий греков-понтийцев, переселившихся в Российскую империю в XIX — начале XX века. В самой Греции фамилия чаще всего звучала бы как Markenidis (Маркенидис). Окончание -и, а не -ис — это результат адаптации к русской грамматике: фамилии на -и стали несклоняемыми, что удобнее в бытовом общении.

Географически фамилия Маркениди распространена в местах компактного проживания понтийских греков: на юге России (Краснодарский край, Ставрополье), в Крыму, а также в Грузии и Украине. Встречается она и в Греции, куда многие греки репатриировались в XX веке.

Социальный контекст: носители фамилии Маркениди, как правило, происходят из крестьянской или ремесленной среды. Имя Марк было широко распространено среди простого народа, и его уменьшительная форма Маркенис указывает на то, что предок был не знатного, а скорее рядового происхождения. Профессиональной привязки у фамилии нет — это чистый патроним, указывающий на родство, а не на занятие.

Из-за того, что фамилия редкая и имеет ярко выраженный греческий колорит, её носители в России часто сталкиваются с вопросами о происхождении. Однако путать её с фамилиями на -иди от турецких или славянских корней не стоит: Маркениди — однозначно греческая, христианская по имени-основе.